- g -

• GapFunction() : GapFunction
• generateMatch() : AlignmentData , SecSequenceData , SequenceData
• generateMultiMatch() : Align
• generateMultiMatchScore() : Align
• get_index() : ranking_helper2 , ranking_helper
• get_value() : ranking_helper2 , ranking_helper
• getAlignmentData() : Align
• getAllChains() : PdbLoader
• getAmino() : Spacer
• getAminoFrequency() : Profile
• getAminoFrequencyFromCode() : Profile
• getAminoMaxFrequency() : Profile
• getAminoMaxFrequencyCode() : Profile
• getAngle() : IntCoordConverter
• getAngleDifference() : IntCoordConverter
• getBackboneHbonds() : Spacer
• getBOND_ANGLE_AT_CALPHA_TO_CPRIME() : LoopTableEntry
• getBOND_ANGLE_AT_CPRIME_TO_N() : LoopTableEntry
• getBOND_ANGLE_AT_N_TO_CALPHA() : LoopTableEntry
• getBOND_LENGTH_CALPHA_TO_CPRIME() : LoopTableEntry
• getBOND_LENGTH_CPRIME_TO_N() : LoopTableEntry
• getBOND_LENGTH_N_TO_CALPHA() : LoopTableEntry
• getBondAngle() : IntCoordConverter
• getBondLength() : IntCoordConverter
• getChainLetter() : Protein
• getChainNum() : Protein
• getChi() : SideChain
• getClosest() : LoopTable
• getConsensus() : Profile
• getEnergyFromPhiPsi() : PhiPsi
• getEvalue() : Alignment
• getExtensionPenalty() : AGPFunction , GapFunction , VGPFunction2 , VGPFunction
• getFreqMaxAminoFrequency() : Profile
• getGapFunction() : Align
• getHelixData() : Spacer
• getHoles() : Spacer
• getInBond() : AminoAcid , Group , SideChain , SimpleBond , Spacer
• getInBondRef() : Bond
• getIndexFromPdbNumber() : Spacer
• getInvalidTraceback() : Traceback
• getLength() : AlignmentBase , LoopTable
• getLigandSet() : Protein
• getLowerBound() : Component
• getMatch() : Align , AlignmentData , SecSequenceData , SequenceData
• getMatchSubset() : Align , AlignmentBase
• getMax() : LoopTable
• getMaxBins() : LoopTable
• getMaxInBonds() : SimpleBond
• getMaxModels() : PdbLoader
• getMaxModelsFast() : PdbLoader
• getMaxOutBonds() : SimpleBond
• getMin() : LoopTable
• getMultiMatch() : Align , FSAlign , NWAlign , NWAlignNoTermGaps , SWAlign
• getMultiMatchScore() : Align
• getNClosest() : LoopTable
• getNewPos() : AlignmentBase
• getNumGap() : Profile
• getNumSequences() : Profile
• getOffset() : AtchleyCorrelation , AtchleyDistance , EDistance
• getOmegaAngle() : PhiPsiOmega
• getOpenInBondRef() : AminoAcid , Bond , Spacer
• getOpenOutBondRef() : AminoAcid , Bond , Spacer
• getOpenPenalty() : AGPFunction , GapFunction , VGPFunction2 , VGPFunction
• getOrderedEnergyTable() : PhiPsiOmega
• getOrigPos() : AlignmentBase
• getOutBond() : AminoAcid , Group , SideChain , SimpleBond , Spacer
• getOutBondRef() : Bond
• getPdbNumberFromIndex() : Spacer
• getPhiPsiAngle() : PhiPsiOmega
• getPolymer() : Protein
• getProfBE() : ProfInput
• getProfMixSSBE() : ProfInput
• getProfSS() : ProfInput
• getPureSequence() : AlignmentBase
• getRama() : LoopTable
• getRandomPhi() : RamachandranData
• getRandomPsi() : RamachandranData
• getResidues() : SubMatrix , Substitution
• getScore() : Align , Alignment
• getScoringScheme() : Align
• getSeq() : Profile
• getSequence() : AlignmentData , SecSequenceData , SequenceData
• getSequenceLength() : AlignmentBase , Profile
• getSpacer() : Protein , Spacer
• getStrandData() : Spacer
• getSubSpacerListEntry() : Spacer
• getTarget() : AlignmentBase
• getTargetAminoAcidOffset() : AlignmentBase
• getTargetName() : AlignmentBase
• getTargetPos() : AlignmentBase
• getTemplate() : AlignmentBase
• getTemplateAminoAcidOffset() : AlignmentBase
• getTemplateName() : AlignmentBase
• getTemplatePos() : AlignmentBase
• getTokens() : AlignmentBase
• getTorsionAngle() : IntCoordConverter
• getTrueMapFromPdb() : Alignment
• getType() : SideChain , SimpleBond
• getUpperBound() : Component
• givePercentProp() : LoopExtractor
• givePercentVdw() : LoopExtractor
• globalStatistic() : globalStatistic
• groupLikeStateCode() : Spacer