- a -

• ad : Align , ScoringScheme

- b -

• B : Align
• B0 : Align

- f -

• F : Align

- g -

• gap : Profile
• gapFreq : Profile
• gf : Align

- i -

• i : Traceback

- j -

• j : Traceback

- m -

• m : Align
• match : AlignmentData

- n -

• n : Align , AlignmentData
• name1 : AlignmentData
• name2 : AlignmentData
• numSeq : Profile

- p -

• penaltyAdd : Align
• penaltyMul : Align
• profAliFrequency : Profile

- r -

• res1Pos : Align
• res2Pos : Align

- s -

• score : Substitution
• seq : Profile
• seqLen : Profile
• seqTemplate : AlignmentBase
• seqTemplateName : AlignmentBase
• ss : Align
• startAaTarget : AlignmentBase
• startAaTemplates : AlignmentBase
• str : ScoringScheme
• sub : ScoringScheme
• subStr : Structure

- t -

• target : AlignmentBase
• targetName : AlignmentBase