- a -

• acceptCalculator() : Spacer
• acceptOptimizer() : Spacer
• add() : AlignmentData
• addAlignment() : Alignment , AlignmentBase
• addAlignVectors() : VectorTransformation
• addAtom() : Group
• addGap() : LigandSet , Spacer
• addMissingO() : AminoAcid
• addRot() : Spacer , VectorTransformation
• addTerminalOXT() : AminoAcid
• addTrans() : Spacer , VectorTransformation
• adjustLeadingN() : AminoAcid
• adjustTable() : LoopTable
• AGPFunction() : AGPFunction
• Align() : Align
• Alignment() : Alignment
• AlignmentBase() : AlignmentBase
• AlignmentData() : AlignmentData
• AminoAcid() : AminoAcid
• assignSecondary() : PdbLoader
• AtchleyCorrelation() : AtchleyCorrelation
• AtchleyDistance() : AtchleyDistance
• Atom() : Atom