- i -

• initOccurrence() : LoopTable
• insertAminoAfter() : Spacer
• insertAminoAfterWithGaps() : Spacer
• insertAminoBefore() : Spacer
• insertCharacter() : AlignmentBase
• insertComponent() : LigandSet , Polymer , Protein , Spacer
• insertDash() : AlignmentBase
• insertFirstSpacer() : Spacer
• insertSubSpacerAfter() : Spacer
• inSideChain() : PdbLoader
• inSync() : Component
• isBond() : SimpleBond
• isCofactor() : Ligand
• isConserved() : AlignmentBase
• isDeletion() : AlignmentBase
• isGap() : AlignmentBase , LigandSet , Spacer
• isInBond() : SimpleBond
• isIndirectBond() : SimpleBond
• isIndirectInBond() : SimpleBond
• isIndirectOutBond() : SimpleBond
• isInsertion() : AlignmentBase
• isInvalidTraceback() : Traceback
• isMetalCompound() : Ligand
• isOutBond() : SimpleBond
• isPolar() : EffectiveSolvationPotential
• isSimpleMetalIon() : Ligand
• isTorsionBond() : SimpleBond
• isWater() : Ligand